Niemikotisäätiön toiminnallisen kuntoutuksen muodostavat työkeskukset, päiväkeskukset, koulutus/valmennustoiminta ja Kesäharjun toimintakeskus.

Toimintayksiköt sijaitsevat Helsingissä Kesäharjun toimintakeskusta lukuun ottamatta. Työkeskuksia on 7, päiväkeskuksia 2 ja koulutus/valmennustoimintaa toteuttaa Mieli Töihin®  -valmennusyksikkö.

Mieli Töihin® -valmennuksen, päiväkeskusten ja työkeskusten toimintojen kehittämisestä vastaavat prosessivastaavat.